İttihad və Tərəqqinin qurucuları arasında iştirak edən Abdullah Cövdət, dinə qarşı icra edilən mübarizənin Türkiyədəki ilk qabaqcıllarından biri idi. Cəmiyyəti dindən qoparmaq üçün əhatəli “dünya görüşü” meydana gətirmişdi. Ona görə, müasir sivilizasiyanın təməli dindən kənar bir mədəniyyətə söykənməli idi. İslam isə, guya “irəliləməyə mane olduğu” üçün ictimai həyatın tamamilə xaricinə çıxarılmalı idi.
Abdullah Cövdət, adını əsas olaraq İttihad Tərəqqi Cəmiyyətinin quruluş mərhələsində eşitdirdi. Özü kimi İttihad Tərəqqinin qurucularından olan mason İbrahim Temonun fikirlərindən təsirləndi. Temonun özünə vermiş olduğu Felix Isnardın “Ruhçuluq və Materializm” və Luis Büchnerin “Maddə və qüvvət” adlı kitablarını oxuyaraq materializmə ilk addımı atdı. “Bioloji materializm” mövzusunda yazmış olduğu yazılardan ötəri dindar seqmentdən güclü reaksiyalar aldı. (Şükrü Hanioğlu, Dr. Abdullah Cevdet ve Dönemi, səh. 21)
Cövdət, Darvinin təkamül nəzəriyyəsinin sehrinə də qapılmış və o dövrlərdə Avropalı irqçilər arasında çox məşhur olan “yevgenika” (bir irqin seçməli cütləşmə ilə genetik olaraq yaxşılaşdırılması) anlayışından təsirlənmişdi. “Tənzimatdan Respublikaya Türkiyə Ensiklopediyası” Abdullah Cövdətin fikirlərini bu şəkildə yekunlaşdırar:
Abdullah Cövdətin bioloji materializminin digər bir xüsusiyyəti də, ictimai elita yaratmada əlverişli nəzəri açıqlığa sahib olmasıdır. Ernest Haeckelin bütün canlıların təkamülləşməsi müddətindəki bərabərsiz inkişaf qanunu və Darvinin təbii seçmə nəzəriyyəsi, Abdullah Cövdətə bəzi insanların təhsil yoluyla digərlərindən fərqliləşərək seçilə biləcəyi və ictimai irəliləmənin ancaq bu seçmə heyətin liderliyində reallaşa biləcəyi inancını vermişdir. (Tanzimattan Cumhuriyete Türkiye Ansiklopedisi, cild 2, səh. 368)
Abdullah Cövdət 1903-cü ildə “Ictihad” jurnalını çıxarmağa başladı. Bu jurnal vasitəsilə İslama və hz. Məhəmməd (s.ə.v)-a davamlı sözlü hücumlar və böhtanlar ehtiva edən yazılar nəşr etdi. Abdullah Cövdət fevral 1909-cu ildə masonların dəstəyi ilə “Ictihad evi” adında nəşriyyat qurdu. Bu nəşriyyatda nəşr etdiyi silsilə kitab, xalq arasında böyük reaksiyanın meydana gəlməsinə səbəb oldu və əvvəl nəşriyyat, ardından da “Ictihad” jurnalı bağlanıldı. Abdullah Cövdətin məhkumiyyəti və jurnalın bağlanılması dövrün bir qəzetinə bu şəkildə əks olunmuşdu: “Dinimizə təcavüz edənlərə ibrəti təsirliyə: Abdullah Cövdət Bəy, bir məqaləsində Dini Mübini Məhəmmədiyəyə təcavüz etdiyindən ötəri iki il həbsə məhkum oldu.” (Tevhid-i Efkar Gazetesi, 21 aprel 1922)
Bağlanılma qərarının dərhal adından “İştihat”, “İşhad”, “Cəhd” jurnallarını çıxardı. Bir müddət “İkdam” və “Haqq” qəzetlərində redaktorluq etdi. İslama hücum edən nəşrlərə görə hökumət dövründə Şeyxül-İslamdan bir neçə dəfə xəbərdarlıq aldı.
Əbdülhəmidin taxtdan endirilməsinə köməkçi oldu. Lakin öz baxımından mühitin hələ etibarlı olmadığını düşünərək uzun müddət ölkəyə geri dönmədi. Döndüyündə isə İttihadçılar tərəfindən Sağlamlıq Ümumi Müdirliyinə gətirildi. Ancaq bu vəzifəsində də zidd fikirləri ilə qısa müddətdə gözə batdı. Qadınlara ilk dəfə “fahişəxana” vəsiqəsi verilməsi tətbiqini başladınca, xalqdan gələn reaksiya üzərinə hökumət tərəfindən vəzifəsindən azad edildi.
Abdullah Cövdətin müəllifi olduğu və tərcümə edilmiş 70-ə yaxın əsəri vardır. Bunların arasında din əleyhinə təbliğatın ən çox olduğu kitab, fransız dilindən tərcümə etdiyi “Aklı selim”dir. 19-cu əsrin bütün köhnə ateist boş sözlərinin israrla işləndiyi bu kitabın ön sözündə Cövdət, tapındığı “ilah”ın “azadlıq”, “fəzilət” kimi humanist anlayışlar olduğunu belə izah edir:
Ağlı başında, qüdsi bir üsyandır və bunu könüllərdə gəzdirmək eşqinin atəşi heç bir zaman söndürülə bilməyəcək. Promethe, Qafqaz dağlarında deyil, könül dağlarındadır və zəncirlərini qırmışdır. Məbudumuz (İlahımız) fəzilətdir. Gərəkli fəzilət isə azadlıqsız mümkün deyil. Azadlıqların mühüm və mübarək fikir və vicdan azadlığıdır. Bu tərcümənin mövzusu itaət və ibadətdir; azadlıq ilahına itaət və ibadətdir. (Abdullah Cevdet, Aklı Selim,)
Abdullah Cövdət fransız materialistlərin fikirlərini araşdırarkən fransız yazıçısı Gustave Le Bonun təsirində qaldı. Le Bonun fikirləri istiqamətində inkişaf etdirdiyi “Türk irqinin damazlıq kişi yolu ilə islah edilməsi proyekti” isə onu təkrar ölkə gündəminə gətirdi.
Abdullah Cövdətin inanclı bir ailədən gəlməsinə baxmayaraq, ömrünü dinə qarşı mübarizə etməklə keçirməsi son dərəcə maraqlıdır. Osmanlının son dövründə masonik təlimlə zəhərlənən bir nəslin ən radikal nümayəndəsi olan Abdullah Cövdətin cənazə namazı da qılınmamışdır. Həyatda olmayan tarixçi İbrahim Haqqı Konyalı, Abdullah Cövdətin cənazə mərasimini bu sözlər ilə açıqlayır:
Abdullah Cövdət Allaha inanmadığını söyləyirdi. İslam hərflərinin şiddətlə əleyhinə oldu. Dini dəyərlərin çoxuna qarşı olduğunu yazıb söyləyirdi. Məhz bu adam ölüncə cənazəsi Ayasofya məscidinə gətirildi. Eləcə musalla daşında dayanırdı. Hocalar da namaz qıldırmağa yanaşmırdılar. Bunun üzərinə cənazə, bələdiyyənin bir avtomobilinə qoyularaq aparıldı. (15 noyabr 1983, Yeni Nesil)

